Desde marzo de 2005 es director deportivo de uno de los equipos punteros del baloncesto femenino de la Comunidad Valenciana, como es el CBF Akra Leuka.

Como ayudante del cadete femenino de este CBF Akra Leuka consiguió acabar cuarto en el Campeonato de España de clubes de 1999 y 2000, mientras que como entrenador en 2007 acabó tercero en la fase interautonómica disputada en Arganda del Rey.

Igualmente, Juan Carlos Arrarte ha sido seleccionador de minibasket femenino de la Comunidad Valenciana, donde alcanzó el cuarto puesto en categoría especial en 2003 como mejor posición.

En su etapa como entrenador sénior, esta última temporada ha llevado al CBF Akra Leuka a su retorno a 1ª División Nacional.

Trayectoria
Hasta 1998 Entrenador formación IB San Blas
1998-99 Primer Entrenador Cadete Provincial CBF Akra Leuka / Ayudante Cadete Femenino Iniciación al Rendimiento CBF Akra Leuka
1999-2000 Ayudante Cadete Femenino Iniciación al Rendimiento CBF Akra Leuka
2000-2001 Primer Entrenador Infantil Escolar CBF Akra Leuka / Primer Entrenador Cadete Provincial CBF Akra Leuka / Primer Entrenador Júnior Preferente CBF Akra Leuka
2001-2002 Entrenador formación CD Santa Teresa y C. Jesuitas
2002-2003 Entrenador formación CD Santa Teresa y C. Jesuitas
2003-2004 Entrenador formación CD Santa Teresa y SCD Carolinas y entrenador sénior femenino CD Santa Teresa
2004-2005 Entrenador formación CD Santa Teresa y SCD Carolinas y entrenador sénior femenino CD Santa Teresa
2005-2006 Entrenador Cadete Femenino Iniciación al Rendimiento CBF Akra Leuka / Entrenador Alevín Femenino CBF Akra Leuka / Director deportivo CBF Akra Leuka
2006-2007 Entrenador sénior autonómico femenino CBF Akra Leuka / Entrenador Cadete Femenino Iniciación al Rendimiento CBF Akra Leuka / Director deportivo CBF Akra Leuka
2007-2008 Entrenador sénior autonómico femenino CBF Akra Leuka / Entrenador Júnior Femenino CBF Akra Leuka / Director deportivo CBF Akra Leuka
2008-2009 Entrenador sénior 1ª Divisió Nacional CBF Akra Leuka / Director deportivo CBF Akra Leuka

Palmarés
1998-99 Con el cadete femenino de CBF Akra Leuka. Campeón fase regular. Campeón Autonómico. Campeón Sector Interautonómico (Ciudad Real). Cuarto clasificado Final de España Cadete Femenina (Burgos)
1999-2000 Con el cadete femenino del CBF Akra Leuka. Campeón fase regular. Campeón Autonómico. Campeón Sector Interautonómico (Zaragoza). Cuarto clasificado Final de España Cadete Femenina (Murcia)
2002 Quinto puesto en categoría especial en el Campeonato de España de Minibasket con la Comunidad Valenciana
2003 Cuarto puesto en categoría especial en el Campeonato de España de Minibasket con la Comunidad Valenciana
2004 Sexto puesto en categoría especial en el Campeonato de España de Minibasket con la Comunidad Valenciana
2006-2007 Con el cadete femenino del CBF Akra Leuka. Campeón fase regular grupo B. Subcampeón final autonómica. Tercer clasificado Sector Interautonómico (Arganda del Rey)
2007-2008 Ascenso a 1ª Nacional Femenina con el sénior del CBF Akra Leuka y con el Júnior Femenino: Segundo clasificado fase regular. Subcampeón final autonómica. Tercer clasificado Sector Interautonómico (Arganda del Rey)